生物医学工程系原名医学电子工程系。从1986年起招收四年制医学电子工程专业本科生。1993年学制改为五年，同时更名为生物医学工程系。1990年获生物医学工程硕士学位授予权。1998年成为博士学位一级授权学科，2000年获准建立生物医学工程博士后科研流动站。1999年建立生物医学工程研究所。2001年军事医学工程实验室成为全军医学重点实验室。系下辖数学、物理学、计算机应用、电子学、医学电子工程、军队卫生装备与计量学六个教研室，另在校内其它院系设有五个研究室。建系十多年来，已形成一支结构合理、学术水平高、团结务实、充满生机的师资队伍。在军事医学电子工程及军队卫生装备技术研究，生物医学信号检测与处理研究，物理因子的生物学效应研究，医学图像处理及多媒体网络数据库的研究等方面特色显明，展现出广阔的发展前景。已为我军培养了大批本科生、硕士研究生、博士研究生，成为我军生物医学工程高级人才的主要培养基地。新的世纪，生物医学工程系将在学校党委的领导下，发奋图强、改革创新，坚持为军服务，突出医工结合，逐步扩展专业方向，努力形成新的科技增长点，为学校发展和我军现代化建设做出新的贡献。

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